De afdeling microbiologie onderzoekt stalen van verschillende herkomsten op de aanwezigheid van pathogene of mogelijk pathogene bacteriën en hun gevoeligheid aan antibiotica. Ook virussen, parasieten, gisten en schimmels behoren tot het expertisedomein.

Opsporing gebeurt via klassieke kweekmethoden, maar ook rechtstreekse detectie van het antigen of PCR vermenigvuldiging maken deel uit van het arsenaal.

Ook het microscopisch onderzoek  van de urines gebeurt op de afdeling microbiologie. Dit gebeurt volautomatisch op basis van 500 foto's die van elke urine genomen worden en waarbij de aanwezige elementen via neuraal netwerktechnologie door het toestel geïnterpreteerd worden. De laborant superviseert de interpretatie via de beelden van de foto's die hem worden aangeboden.

Recent werd ook het enten van de urines geautomatiseerd ( enkel voor de urinepotjes die door het laboratorium ter beschikking gesteld worden).