Update | Analyses COVID-19: Nieuwe varianten (VOC) en rapportering

De coronapandemie houdt ons nu al meer dan een jaar in de ban. Helaas moeten we opnieuw een toename van het aantal besmettingen vaststellen. Hopelijk brengt een snelle vaccinatie soelaas.

De laatste weken worden we daarenboven geconfronteerd met de opkomst van nieuwe varianten (VOC: Variants Of Concern) waarbij vaak hogere viral loads worden gedetecteerd.
Dit resulteert in een toename van de contagiositeit en zou mogelijk aanleiding kunnen geven tot verhoogde morbiditeit.

Op dit ogenblik is de Britse variant 20/501Y.V1 de meest voorkomende. Kenmerkend is dat deze o.a een mutatie (N501Y) vertoont in het Receptor Binding Domain (RBD) van het Spike-eiwit. Zoals geweten is dit eiwit de sleutel waarmee SARS-CoV-2 humane cellen binnentreedt. De mutatie faciliteert deze interactie.

Momenteel vertegenwoordigt deze variant reeds meer dan 65 % van onze positieve stalen. Er wordt verwacht dat deze dominantie nog zal toenemen en dat de originele ‘Wild-Type’ (SARS-CoV-2 zonder majeure mutaties) binnen een paar weken nog slechts een klein percentage zal vertegenwoordigen.

In overleg met de universiteiten hebben we dan ook besloten om binnen een tweetal weken  de huidige bijkomende differentiatie (Wild-Type versus Britse variant) niet meer uit te voeren omdat de ‘Britse’ variant de ‘Pan Europese’ variant zal worden.
Daarenboven zijn de huidige quarantainemaatregelen reeds afgestemd op de actuele VOC’s. Deze wijziging zal plaatsvinden in het weekend van 13 maart.

Andere varianten

Twee andere mutanten duiken echter op aan het Europese firmament: de Zuid-Afrikaanse  (20H/501Y.V2) en de Braziliaanse (20J/501Y.V3) varianten. Deze hebben naast de N501Y mutatie, die dus verantwoordelijk is voor de verhoogde receptor affiniteit, nog twee bijkomende mutaties in het RBD: K417N en E484K. Deze laatste werd ook al gedetecteerd in enkele Britse stammen en wordt  ervan verdacht verantwoordelijk te zijn voor ‘immune escape’, waarbij opgebouwde immuniteit na een natuurlijke infectie onvoldoende gewapend is om een nieuwe infectie te voorkomen. Hopelijk impliceert dit geen ‘vaccin evasion’.
Hun reproductiegetal (R-waarde) is vergelijkbaar met die van de Britse variant (+/- 1.25) en hun prevalentie is nu al meer dan 5%.

Op dit moment is het nog niet mogelijk om deze met de conventionele RT-PCR te differentiëren van de Wild-Type en Britse variant.
Baseline surveillance en clusteronderzoek waaraan we deelnemen in samenwerking met het NRC (Nationale Referentie Centrum) brengt via ‘full genome sequencing’ hun verspreiding in kaart.
Indien er in de toekomst  diffentiërende technieken (reflex PCR’s) beschikbaar zouden zijn die een klinische meerwaarde (naar therapie of quarantaineduur) kunnen bieden, dan zal het labo u zo snel mogelijk meedelen wanneer die ingevoerd worden.

Nieuwe rapportering

Tot slot willen we u op de hoogte brengen dat de rapportering van de RT-SARS-CoV2-PCR vanaf heden in 4 i.p.v. 3 categorieën zal gebeuren, waardoor de besmettelijkheidsgraad van de patiënt beter zal kunnen ingeschat worden.
Deze rapportering is gebaseerd op een absolute kwantificatie in RNA copies/ml aangezien Ct-waarden voor dezelfde virale lading sterk variëren tussen assays en tussen laboratoria met dezelfde assay. Het daarvoor nodige controlemateriaal werd door het NRC ter beschikking gesteld. Het doel is een uniforme rapportering te bekomen van SARS-CoV-2 resultaten over de verschillende Belgische laboratoria heen.